To Γυμνάσιο Μαραθώνα ιδρύθηκε ως ανεξάρτητο εξατάξιο Γυμνάσιο το 1963 και από το σχ. έτος 1978-79 λειτουργεί ως κανονικό τριτάξιο Γυμνάσιο. Βρίσκεται στο κέντρο του Μαραθώνα, περιλαμβάνει 13 μεγάλες αίθουσες διδασκαλίας, 4 λυόμενες αίθουσες διδασκαλίας βαρέως τύπου, 4 λυόμενες αίθουσες ελαφρού τύπου, εργαστήρι φυσικής-χημείας, εργαστήρι πληροφορικής, αίθουσα καλλιτεχνικών, κλειστό γυμναστήριο, βιβλιοθήκη και λοιπούς βοηθητικούς χώρους. Το Σχολείο διοικητικά υπάγεται στη Δ/νση Δευτεροβάθμιας Εκπ/σης Αν. Αττικής.